Apotekere kan i særlige tilfælde søge om tilskud. Det bliver ydet tilskud i form af ekstraordinært tilskud eller strukturtilskud.
Ekstraordinært tilskud bliver bl.a. tildelt apoteker, der ikke har mulighed for at gennemføre nødvendige og hensigtsmæssige ombygninger, flytninger o.l. inden for rammerne af deres normale drift.
Strukturtilskud bliver bl.a. tildelt apoteker, der ikke har mulighed for at opretholde en rimelig indkomst, fx på grund af en beskeden omsætning og en vanskelig distributionsstruktur med mange håndkøbs- og apoteksudsalg.
Det er Ministeriet for Sundhed og Forebyggelse som bevilger tilskuddene. Udgifterne til tilskudsordningen er dækket af afgifter, som apoteker over hele landet indbetaler.